科学の発展とともに、原子に関する多くの理論が科学者によって開発されました。それらの1つはJ.Jトムソンであり、その理論はトムソンの原子理論としてよく知られています。前の議論では、原子の意味について議論しました。ここで、原子は化学反応に関与する元素の最小粒子です。サイズが非常に小さいため、最強の光学顕微鏡を使用しても見えません。最小の原子は水素中の原子です。
1897年、マイケル・ファラデー（1791-1867）によって以前に発明されたブラウン管法を使用して、トムソンはブラウン管の質量（m）と電荷（e）の比率を決定しました。比率に基づく m/e このトムソンは、陰極線は原子配列の負に帯電した素粒子であると結論付けました。
陰極線は電子として知られるようになりました。これは1874年にジョージストーニーによって最初に提案された用語です。トムソンの原子理論モデルは、正電荷球の電子が丸いクリスマスプディング、またはレーズンパン理論として知られています。
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トムソンの原子理論は、原子は正電荷を持つ塊状または固体の球体であると結論付けました。ここで、原子は正に帯電したボールとそれに埋め込まれた電子で構成されています。それに加えて、彼は原子が同じ大きさの負と正の電荷を持っているので中性であると主張しました。
しかし、トムソンの原子理論のモデルは短命でした。約10年間発表された後、この理論の弱点が明らかになり始めました。この理論は、原子間で発生する化学反応のダイナミクスを説明できないと考えられています。実際、トムソンの原子理論の不完全さは、アーネスト・ラザフォードというトムソンの学生の一人によって指摘されました。
問題の弱点のいくつかは、ラザフォードによって提案された薄い金の膜によるアルファ粒子散乱の現象を説明することができず、原子核の存在を説明することができないということです。
